Knochenzysten sind ein aufkommendes Problem in der modernen Pferdezucht. Diese Hohlräume sind in den meisten Fällen Entwicklungsstörungen, die der Bildung von OCD-Fragmenten ähneln. Knochenzysten können in den meisten Knochen von Pferden auftreten und befinden sich immer in der Nähe eines Gelenks, mit einer Verbindung zu dem betroffenen Gelenk. Die häufigsten Zysten befinden sich im Knie (medialer Femurkondylus), im Fesselbein, Kronbein und Hufbein, können aber auch im Karpus, Tarsus, in der Schulter usw. auftreten.

Die Behandlung von Knochenzysten entwickelt sich ebenfalls kontinuierlich weiter. Abhängig von der Lage, Größe der Zyste und dem Ausmaß der Gelenkkommunikation kann der Chirurg einen Behandlungsplan entwickeln. Dies wird immer eine gründliche Entfernung des Zysteninhalts beinhalten. Zusätzlich kann ein Vektor platziert werden, um das Knochenwachstum innerhalb der Zyste zu stimulieren. Bei Equitom werden fast alle Zystenbehandlungen unter CT-Steuerung durchgeführt, um eine ultrapräzise Platzierung eines Implantats oder Transplantats zu gewährleisten:

- Auffüllen der Zyste mit autologem Knochentransplantat
- Auffüllen der Zyste mit einer resorbierbaren Schraube
- Auffüllen der Zyste mit resorbierbarem Knochenzement
- Platzierung einer Metallschraube

Der Erfolg jeder Behandlung hängt von der Zyste selbst ab (Größe, Verbindung mit dem Gelenk), dem Alter des Patienten (je jünger, desto besser die Erfolgschancen) und dem Zustand des betroffenen Gelenks (Arthrose verringert die Erfolgschancen).