L’endoscopie est principalement utilisée afin d’examiner les voies respiratoires supérieures du cheval, mais peut aussi être utilisée afin d’investiguer la vessie ou encore l’œsophage. L’endoscope est une caméra qui est insérée dans les naseaux. Cette procédure est utilisée afin d’examiner les cavités nasales, l’ethmoïde, les poches gutturales, le pharynx, le larynx et la trachée.