Endoscopie wordt meestal gebruikt om de bovenste luchtwegen te onderzoeken. De endoscoop wordt via de neus binnen gebracht om de neusholtes en het ethmoid, de luchtzakken, de larynx, de farynx en de trachea in beeld te brengen.
Het kan ook gebruikt worden voor het onderzoek van de blaas en de slokdarm.
Dynamische endoscopie evalueert de werking van het strottenhoofd en de luchtwegen bij het paard tijdens inspanning.
Sommige problemen met de luchtwegen manifesteren zich enkel bij inspanning, en zijn niet waarneembaar via een endoscopie in rust. Voorbeelden hiervan zijn een dorsale verplaatsing van het zacht gehemelte (DDSP), farynx collaps, enz.